محل خروج تخم از بدن پرنده کلواک نام دارد . کلواک کانال مشترک انتهای دستگاه تولید مثلی و دستگاه گوارشی و ادرار پرندگان است ؛ بنابراین در زمان خروج تخم از بدن پرنده احتمال آلوده شدن آن وجود دارد .
در پرندگانی که در بستر نگهداری می‌شوند نیز احتمال آلوده شدن تخم با کود و یا سایر مواد خارجی بسیار زیاد است. حتی تخم‌هایی که در سیستم قفس تولید می‌شوند نیز احتمال آلوده شدن با کود یا برخی مواد از قبیل پر و خوراک وجود دارد.
بهترین کار برای داشتن تخم های سالم و کم خطر در دستگاه جوجه کشی حذف تخم های آلوده است؛ اما گاهی اوقات می توان با تمیز کردن پوسته تخم آلودگی را از بین برد و از تخم استفاده کرد. این کار در مورد تخم های گران قیمت به صرفه است . به عنوان مثال قیمت تخم قرقاول گاهی بیش از ده برابر تخم مرغ است.
برای تمیز کردن تخم ها از پارچه زبر و سمباده خیلی نرم استفاده میشود . در زمان تمیز کردن پوسته باید دقت کرد که هیچ تغییر یا خراشی در پوسته ایجاد نشود و به پوسته آسیب نرسد.
بعد از برداشتن آلودگی در سطح پوسته باید تخم ها را ضد عفونی کرد. هیچ گاه تخم های آلوده به کود را نباید در داخل محل نگهداری تخم قرارداد چون به سرعت آلودگی را به سایر تخم های سالم منتقل می‌کنند.
پس از خروج تخم از بدن پرنده ، پوسته آن مرطوب است. پوسته مرطوب پس اینکه در معرض هوا قرار می گیرد بسرعت خشک می شود. بعد از خشک شدن لایه مرطوب یک پوشش نازک ولی سخت روی تخم تشکیل می شود. این لایه از مواد پروتئنی تشکیل شده و به آن کوتیکول گفته می شود.
وظیفه کوتیکول جلوگیری از، از دست رفتن آب و ورود باکتری ها به داخل تخم است. بنابراین کوتیکول اولین سد دفاعی در برابر عوامل آلودگی های خارج از تخم است.
شستن یا پاک کردن تخم بوسیله اجسام زبر مثل سمباده باعت از بین رفتن کوتیکول شده و احتمال ورود آلودگی به داخل تخم افزایش می یابد.
شستن تخم ها با مواد ضدعفونی کننده هم در برخی از مراکز جوجه کشی انجام می شود ؛ اما معمولاً با ریسک هایی همراه است. معمولاً گفته می شود که تخم هایی که خیس می شوند لایه محافظ روی تخم از بین می رود و مقداری آب وارد روزنه ها می شود که احتمال دارد آلودگی های که روی سطح پوسته تخم وجود داشته اند وارد تخم کند.
اگر عوامل آلوده کننده تخم مخصوصاً قارچ ها وارد تخم شوند و این تخم ها در داخل دستگاه جوجه کشی قرار گیرند قارچ های آلوده کننده به دلیل فراهم بودن مواد مغذی لازم برای رشد به سرعت رشد می‌کنند و در مرحله اول جنین را تلف می کنند و سپس کل فضای تخم را اشغال می کنند. همان طور که می دانید رشد قارچ ها به صورت تصاعدی و خیلی سریع است. این رشد سریع، گاز زیادی در داخل تخم تولید می کند و چون روزنه های تخم توسط همین قارچ ها گرفته شده است گازها در داخل تخم تجمع پیدا می کنند تا اینکه براثر فشار گاز داخل تخم پوسته ترک می‌خورد و محتویات آن به بیرون از تخم می ریزند و این محتویات تخم های اطراف و سایر بخش های دستگاه را آلوده می کنند چون در داخل دستگاه گردش هوا وجود دارد. بنابراین اگر یک تخم آلوده در داخل دستگاه وجود داشته باشد به سرعت می تواند تمام تخم ها و حتی جوجه هایی که متولد شده‌اند را آلوده کند.
اگر تخم انفجاری در دستگاه دیدید که معمولاً رنگ محتویات تخم سبز رنگ یا گاهی سیاه رنگ میشود علامت اخطاری است مبنی بر اینکه شرایط بهداشتی جمع آوری و نگهداری تخم یا دستگاه جوجه کشی مناسب نیست.
معمولا تخم هایی که در معرض انفجار قرار دارند کمی تغییر رنگ در پوسته مشاهده می شود سفیدی پوسته مایل به آبی می شود.
