تنظیم صحیح درجه حرارت دستگاه جوجه کشی یک اصل حیاتی است . میزان دما بخصوص در ابتدای دوره جوجه کشی بسیار مهم و حیاتی می باشد . در این دوره زمانی ، افزایش دمای انکوباسیون حتی در حدود یک درجه سلسیوس ( 8/1 درجه فارنهایت ) ، می تواند سبب مرگ جنین شود . بایستی توجه داشت که افزایش دما در دوره انکوباسیون حتی کمتر از یک درجه سلسیوس ، هر چه بیشتر بطول انجامد ، می توان انتظار داشت اثرات زیان بار بسیار بیشتری را بر جنین ها داشته باشد .جنین هایی که در چنین حالتی زنده می مانند ، پس از تولد کوچک و ضعیف بوده و کیسه زرده آن ها به محوطه بطنی وارد نمی شود . بالا بودن ناچیز میزان دمای انکوباسیون در جنین هایی که زنده مانده و هچ شده اند ، می توان منجر به افزایش میزان ناهنجاریی هایی از قبیل گردن کج و خمیده ، پنجه های پیچ خورده و منقار متقاطع و قیچی شکل گردد .
پاین تر بودن دمای انکوباسیون نسبت به میزان توصیه شده ، می تواند سبب مرگ درون پوسته و یا تولد جوجه های ضعیفی شود که به علت داشتن یک کیسه زرده بزرگ ، شکمی نرم و وارفته داشته و بزرگ تر از اندازه طبیعی هستند . کاهش دمای دوره انکوباسیون حتی به میزان بسیار ناچیز ، میتواند سبب تاخیر در زمان هچ شدن جوجه ها به میزان یک روز و یا بیشتر گردد . طی روزهای پایانی دوره انکوباسیون ، تغییرات جزئی دما ( کم تر از نیم درجه سلسیوس ) درای تاثیر کم تری برجنین بوده ، زیرا توانمندی های تنظیم دمای بدن جنین ارتقاء یافته و می تواند بر تغییرات ناچیز دما ، فائق آید . تنها اثر تغییرات دما در این مرحله انکوباسیون ، جلو افتادن و یا تاخیر در تاریخ هچ شدن تخم ها و خروج جوجه ها است .
تخم شترمرغ در محدوده دمایی 4/36 – 36 درجه سلسیوس ( 5/97 – 8/96 درجه فارنهایت ) ، طوطی های کوکاتو و ماکائو در محدوده دمایی 37 – 8/36 درجه سلسیوس ( 6/98 – 2/98 درجه فارنهایت ) ، پرنده گالاه ( Galah ) و پاراکیت استرالیایی در محدوده دمایی 1/37 – 37 درجه سلسیوس ( 8/98 – 6/98 درجه فارنهایت ) انکوبه می شوند .
براساس یک قاعده و دستور کلی ، تخم های کوچک در دمای 37 درجه سلسیوس ( 6/98 درجه فارنهایت ) و تخم های بزرگتر در محدوده دمایی 8/36 – 5/36 درجه سلسیوس ( 2/98 – 7/97 درجه فارنهایت ) انکوبه می گردند .